Planning des réunions du 1er semestre 2013-2014

 

  1. Mercredi 2 octobre 14h30 : Présentation Truong « Modélisation atomistique d’hétéro structures de Graphene/hBN »
  2. Mercredi 23 octobre 14h30 : Présentation de (à définir) sur (ANNULEE)
  3. Mercredi 13 novembre 14h30 : Présentation de Jérôme SM puis L sur les phonons dans les nanofils Ge
  4. Mercredi 18 décembre 14h30 : Présentation d’Adrien V sur les synapses à spin
  5. Mercredi 15 janvier 14h30 : Présentation de Michele « l’ab initio pour les nuls »

Réunion Comics 02/10/2013

Bilan :

* News : Arrivée de Su Li, Nanoelec/C2N  meeting, NanoSaclay Nanoelec meeting, Proposition of project with… Hong Kong ? And Germany. On carbon based devices, Mai Chung will come in Orsay on 23 October. December 3th, HDR defence by Jérôme. GNM paper from Salim almost accepted by APL (minor revisions).

* Présentation de Truong : Eg(Eff) in graphene

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Réunion Comics 31/05/2012

Bilan :

–        Actualités : deux JCJC acceptés, 3 thèses STITS proposées, IWCE 2014 à Paris !!

–        Présentation Damien, ISCAS = Biomedical + « nvx paradigmes »

–        Présentation Philippe bilan IWCE, graphene et transport electrons/phonons couplés

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Réunion COMICS 23/02/2012

  • Actualités : nos nanomesh à la une d’IOP, P2N MOSInAs+TeXMex soumis, cluster pratique cf . COMICS WEB
  • A faire : Ménage le 5 mars 121b (accueil les tunisiens), Conf’ graphène
  • Point biblio par Damien : IEEE TED HSP Wong « Monte Carlo modeling of ReRam »
  • Présentation : Yann, de Carnot à Curzon-Ahlborn (et au-delà)

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Our nanomesh in IOP top 10% !

Article, « Graphene nanomesh-based devices exhibiting a strong negative differential conductance effect », in Nanotechnology, Vol 23, pp065201 (2012), has been downloaded 250 times so far.

To put this into context, across all IOP journals 10% of articles were accessed over 250 times this quarter.

You can link directly to your article at: http://stacks.iop.org/0957-4484/23/065201

Utiliser les clusters de calcul — plein d’infos !

Utiliser les machines

PAS TOTALEMENT A JOUR

Se logger sur les nœuds watson

 

On peut se connecter aux nœuds depuis watson par « ssh c0-X », où X est le numéro du nœud auquel on veut se connecter.
Communication sur les incidents

Désormais nous communiquerons les incidents et leur résolution sur mailtoutcomics, ce qui permettra à tout le monde de mieux gérer les situations.

Si vous avez un problème passez voir Christophe, ou moi si Christophe n’est pas là. Si aucun de nous n’est disponible, envoyez votre problème à mailtoutcomics ! Comme ça toute personne qui reconnaît le problème peut répondre ou agir très vite.

 

Aux utilisateurs de python :

Sur notre nouvelle installation de watson, la situation de python a un peu changé.

En fait il y a 3 versions de python installées, ce mail décrit la situation !

 

  1. Python de CentOs

Le cluster utilise un linux assez ancien (donc stable) qui utilise python 2.4 .  C’est celui qui vient si on tape « python » et il est dans /usr/bin . Ce python n’a pas les librairies pour la sciences (numpy, etc..) et je vous déconseille de l’utiliser pour la science.

 

  1. Versions de python pour la recherche

Dans /opt/python/bin, Christophe a mis les versions de python *pour la recherche* . Il s’agit de python 2.7 (recommandé) et de python 3.2 (pour ceux qui veulent le tester). Les librairies pour la science y sont installées (numpy, scipy, matplotlib pour l’instant).

 

Pour y avoir accès, vous pouvez par exemple rajouter au fichier .csh

 

if ( -d /opt/python/bin ) then
    setenv PATH ${PATH}:/opt/python/bin
    alias f2py « python2.7 /opt/python/bin/f2py »
endif

 

puis lancer python par « python2.7 » ou « python3.2 ». Je vous conseille de bien mettre /opt/python/bin à la fin du PATH (comme j’ai fait), et non pas au début, pour ne pas écraser la commande « python » du système.

 

Notez l’alias que j’ai créé pour utiliser f2py. C’est indispensable, sinon f2py s’embrouille entre les versions de python !!!

 

Enfin,  ipython est installé et fonctionne avec python2.7 .

« ipython –pylab » lance une interface assez analogue à matlab.

 

 

MATLAB

 

MATLAB R2009B est désormais installé sur watson et sur ses nœuds. Cette installation est faite uniquement pour lancer des gros calculs. Pour des calculs interactifs avec interface graphique, vous pouvez utiliser les installations MATLAB sur vos stations .

 

Attention la commande « matlab » lance l’interface graphique ultra lourde. Elle est trop lourde sur watson -> elle va gêner les autres utilisateurs, et elle ne fonctionne pas sur les nœuds.

Utilisez donc plutôt « matlab –nodisplay » qui fonctionne sans graphismes.

 

MATLAB est installé dans /share/apps/matlab/bin . Pour l’utiliser, je vous conseille d’ajouter à votre fichier .cshrc :

 

if ( -e /share/apps/matlab/bin/matlab) then
    setenv PATH ${PATH}:/share/apps/matlab/bin
endif

 

Attention enfin. « matlab –nodisplay blahblah.m » ne lance *pas* blahblah.m  . On utilise plutôt «  matlab –nodisplay < blahblah.m » !

 

Pour finir, exemple d’un fichier batch qui lance un script MATLAB :

 

#!/bin/sh
#nom du job
#PBS  -N testmatlab
#choix du cluster
#PBS  -q  default
#temps maximum de restitution du calcul
#PBS -l walltime=1500:00:00
#memoire requise par le processus
#PBS  -l  mem=1000mb
#positionnement dans le repertoire « home » qui contient le code source
cd /user/querlioz/test
matlab -nodisplay <test.m >out0

 

Compilateurs Intel :

 Christophe a installé des versions modernes des compilateurs Intel Fortran, C et C++.

Pour les utiliser il faut d’abord lancer un script, qui dit si on veut les utiliser en 32bits ou 64bits.

 

Pour utiliser ifort en 32bits :

source /opt/intel/bin/ifortvars.csh ia32

 

Pour utiliser ifort en 64bits

source /opt/intel/bin/ifortvars.csh intel64

 

Monaco ne se compile qu’en 32bits. Et il est recommandé d’utiliser l’option « -mp » pour désactiver certaines optimisations qui affectent la précision des calculs.

 

Pour utiliser le compilateur C/C++, c’est pareil :

source /opt/intel/bin/iccvars.csh ia32

ou

source /opt/intel/bin/iccvars.csh intel64

 

Les compilateurs Intel possèdent de très nombreuses optimisations pour profiter des architectures modernes des processeurs de calcul. Ça vaut le coup d’explorer les différentes options disponibles dans la documentation.

Habituellement, un code compilé par Intel est plus rapide qu’un code GNU (gcc/g++/g77/gfortran). C’est particulièrement vrai pour le code Fortran90 (gfortran n’est pas très performant).

 

Habituellement le code est compatible entre GNU et Intel mais il peut y avoir des problèmes si on utilise des fonctions avancées du C++ ou des structures obsolètes en Fortran77.

Les .so sont compatibles entre GNU et Intel, mais pas les .o .

 

 

Infos obsoletes

On voit la liste des jobs (les programmes lancés sur le cluster) en cours avec « qstat ». On peut aussi observer l’occupation des nœuds sur un navigateur Internet http://watson.ief.u-psud.fr/ganglia/

« qstat –n » dit sur quel nœud du cluster chaque job tourne.

 

Lancer un job

On lance un job avec la commande « qsub batch » où batch est un fichier qui décrit quoi lancer .

qsub trouve alors tout seul un nœud avec assez de processeurs et assez de mémoire disponible pour lancer le batch. Il remplit les machines en commençant par les grands numéros de nœuds.

Pour arrêter un job qui a été lancé, on utilise « qdel numéro », où numéro est le numéro du job (qu’on peut trouver par exemple avec qstat)

 

Voilà un exemple de batch :

 

#!/bin/sh
#nom du job, tel qu il apparaitra dans qstat
#PBS  -N mitP2_10_3.5_1e16
#choix du cluster : laisser default
#PBS  -q  default
#temps maximum de restitution du calcul
#PBS -l walltime=1500:00:00
#memoire requise par le processus
#si le processus depasse l occupation memoire indiquee ici, il sera arrete brutalement
#PBS  -l  mem=1000mb
#positionnement dans le repertoire « home » qui contient le code source
#c est imperatif de bien renseigner cette ligne !
cd /user/querlioz/vegas0.2/mitP2_10_3.5_1e16
#lancement de l’executable avec ecriture des resultats dans le « local_tmp »
#on peut en mettre plusieurs à la suite si on veut
./vegas0.2.py 0.10 < MIT > out

 

Pour ceux qui font du MPI, on peut rajouter une option « #PBS  -l   ncpus=XX  » qui dit le nombre de processeurs dont on a besoin.

 

Redondance

Nous garderons les deux clusters toujours allumés. Comme ça si l’un est en panne/a un disque rempli/etc… vous pourrez toujours utiliser l’autre pendant les opérations de maintenance.

Pour info, les nœuds de sherlock sont plus anciens et globalement moins performants que ceux de watson.