Installation du pack Office 2010 sous CentOS 6.3 via PlayOnLinux (Wine)

Le présent tutoriel permet d’installer le pack Office 2010 sur une CentOS 6.3. Il est très fortement inspiré des pages web suivantes :
http://www.slobberbone.net/dotclear/index.php?post/2013/03/26/Installer-Office-2010-sous-Fedora/CentOS
http://www.playonlinux.com/en/issue-1791.html

La très grande partie des fonctionnalités semble opérationnelle. La seule grosse exception a l’air d’être les fonctionnalités web dont l’usage fait quasi-systématiquement planter le logiciel en cours d’utilisation. Si vous avez absolument besoin de ce genre de fonctions, il est alors peut-être préférable de se pencher sur une solution à base de machine virtuelle Windows. Continue reading « Installation du pack Office 2010 sous CentOS 6.3 via PlayOnLinux (Wine) »

Downloading Papers At Home

Dear Group Members,
I just want to draw your attention – specially new PhD students – to a useful point: You can download as many papers from your home as you want if you have a university contract.
You can make the following test:
To download an APL for example, you have to look for the editor’s name – « American Institute of Physics (AIP) « in this case –  in this page: http://www.u-psud.fr/fr/biblio/bases_de_donnees_22.html
and click on « 
accès distant »
Then you login with « 1st_name.last_name » and enter your adonis password (the same one as for your email box). I’m sure that now, you’ll find your way to it… !! 🙂
The good thing is that the authentication is required only the first time if you just open a tab on the same browser (don’t close it). However, if you want a paper in a journal belonging to another’s editor, you’ll have to go to it through the same webpage, but if you didn’t close the browser, you won’t need any authentication.

I hope this will help you.

All the best,
Salim

Utiliser les clusters de calcul — plein d’infos !

Utiliser les machines

PAS TOTALEMENT A JOUR

Se logger sur les nœuds watson

 

On peut se connecter aux nœuds depuis watson par « ssh c0-X », où X est le numéro du nœud auquel on veut se connecter.
Communication sur les incidents

Désormais nous communiquerons les incidents et leur résolution sur mailtoutcomics, ce qui permettra à tout le monde de mieux gérer les situations.

Si vous avez un problème passez voir Christophe, ou moi si Christophe n’est pas là. Si aucun de nous n’est disponible, envoyez votre problème à mailtoutcomics ! Comme ça toute personne qui reconnaît le problème peut répondre ou agir très vite.

 

Aux utilisateurs de python :

Sur notre nouvelle installation de watson, la situation de python a un peu changé.

En fait il y a 3 versions de python installées, ce mail décrit la situation !

 

  1. Python de CentOs

Le cluster utilise un linux assez ancien (donc stable) qui utilise python 2.4 .  C’est celui qui vient si on tape « python » et il est dans /usr/bin . Ce python n’a pas les librairies pour la sciences (numpy, etc..) et je vous déconseille de l’utiliser pour la science.

 

  1. Versions de python pour la recherche

Dans /opt/python/bin, Christophe a mis les versions de python *pour la recherche* . Il s’agit de python 2.7 (recommandé) et de python 3.2 (pour ceux qui veulent le tester). Les librairies pour la science y sont installées (numpy, scipy, matplotlib pour l’instant).

 

Pour y avoir accès, vous pouvez par exemple rajouter au fichier .csh

 

if ( -d /opt/python/bin ) then
    setenv PATH ${PATH}:/opt/python/bin
    alias f2py « python2.7 /opt/python/bin/f2py »
endif

 

puis lancer python par « python2.7 » ou « python3.2 ». Je vous conseille de bien mettre /opt/python/bin à la fin du PATH (comme j’ai fait), et non pas au début, pour ne pas écraser la commande « python » du système.

 

Notez l’alias que j’ai créé pour utiliser f2py. C’est indispensable, sinon f2py s’embrouille entre les versions de python !!!

 

Enfin,  ipython est installé et fonctionne avec python2.7 .

« ipython –pylab » lance une interface assez analogue à matlab.

 

 

MATLAB

 

MATLAB R2009B est désormais installé sur watson et sur ses nœuds. Cette installation est faite uniquement pour lancer des gros calculs. Pour des calculs interactifs avec interface graphique, vous pouvez utiliser les installations MATLAB sur vos stations .

 

Attention la commande « matlab » lance l’interface graphique ultra lourde. Elle est trop lourde sur watson -> elle va gêner les autres utilisateurs, et elle ne fonctionne pas sur les nœuds.

Utilisez donc plutôt « matlab –nodisplay » qui fonctionne sans graphismes.

 

MATLAB est installé dans /share/apps/matlab/bin . Pour l’utiliser, je vous conseille d’ajouter à votre fichier .cshrc :

 

if ( -e /share/apps/matlab/bin/matlab) then
    setenv PATH ${PATH}:/share/apps/matlab/bin
endif

 

Attention enfin. « matlab –nodisplay blahblah.m » ne lance *pas* blahblah.m  . On utilise plutôt «  matlab –nodisplay < blahblah.m » !

 

Pour finir, exemple d’un fichier batch qui lance un script MATLAB :

 

#!/bin/sh
#nom du job
#PBS  -N testmatlab
#choix du cluster
#PBS  -q  default
#temps maximum de restitution du calcul
#PBS -l walltime=1500:00:00
#memoire requise par le processus
#PBS  -l  mem=1000mb
#positionnement dans le repertoire « home » qui contient le code source
cd /user/querlioz/test
matlab -nodisplay <test.m >out0

 

Compilateurs Intel :

 Christophe a installé des versions modernes des compilateurs Intel Fortran, C et C++.

Pour les utiliser il faut d’abord lancer un script, qui dit si on veut les utiliser en 32bits ou 64bits.

 

Pour utiliser ifort en 32bits :

source /opt/intel/bin/ifortvars.csh ia32

 

Pour utiliser ifort en 64bits

source /opt/intel/bin/ifortvars.csh intel64

 

Monaco ne se compile qu’en 32bits. Et il est recommandé d’utiliser l’option « -mp » pour désactiver certaines optimisations qui affectent la précision des calculs.

 

Pour utiliser le compilateur C/C++, c’est pareil :

source /opt/intel/bin/iccvars.csh ia32

ou

source /opt/intel/bin/iccvars.csh intel64

 

Les compilateurs Intel possèdent de très nombreuses optimisations pour profiter des architectures modernes des processeurs de calcul. Ça vaut le coup d’explorer les différentes options disponibles dans la documentation.

Habituellement, un code compilé par Intel est plus rapide qu’un code GNU (gcc/g++/g77/gfortran). C’est particulièrement vrai pour le code Fortran90 (gfortran n’est pas très performant).

 

Habituellement le code est compatible entre GNU et Intel mais il peut y avoir des problèmes si on utilise des fonctions avancées du C++ ou des structures obsolètes en Fortran77.

Les .so sont compatibles entre GNU et Intel, mais pas les .o .

 

 

Infos obsoletes

On voit la liste des jobs (les programmes lancés sur le cluster) en cours avec « qstat ». On peut aussi observer l’occupation des nœuds sur un navigateur Internet http://watson.ief.u-psud.fr/ganglia/

« qstat –n » dit sur quel nœud du cluster chaque job tourne.

 

Lancer un job

On lance un job avec la commande « qsub batch » où batch est un fichier qui décrit quoi lancer .

qsub trouve alors tout seul un nœud avec assez de processeurs et assez de mémoire disponible pour lancer le batch. Il remplit les machines en commençant par les grands numéros de nœuds.

Pour arrêter un job qui a été lancé, on utilise « qdel numéro », où numéro est le numéro du job (qu’on peut trouver par exemple avec qstat)

 

Voilà un exemple de batch :

 

#!/bin/sh
#nom du job, tel qu il apparaitra dans qstat
#PBS  -N mitP2_10_3.5_1e16
#choix du cluster : laisser default
#PBS  -q  default
#temps maximum de restitution du calcul
#PBS -l walltime=1500:00:00
#memoire requise par le processus
#si le processus depasse l occupation memoire indiquee ici, il sera arrete brutalement
#PBS  -l  mem=1000mb
#positionnement dans le repertoire « home » qui contient le code source
#c est imperatif de bien renseigner cette ligne !
cd /user/querlioz/vegas0.2/mitP2_10_3.5_1e16
#lancement de l’executable avec ecriture des resultats dans le « local_tmp »
#on peut en mettre plusieurs à la suite si on veut
./vegas0.2.py 0.10 < MIT > out

 

Pour ceux qui font du MPI, on peut rajouter une option « #PBS  -l   ncpus=XX  » qui dit le nombre de processeurs dont on a besoin.

 

Redondance

Nous garderons les deux clusters toujours allumés. Comme ça si l’un est en panne/a un disque rempli/etc… vous pourrez toujours utiliser l’autre pendant les opérations de maintenance.

Pour info, les nœuds de sherlock sont plus anciens et globalement moins performants que ceux de watson.

private COMICS pages

Others USEFULL INFORMATIONS:

ARCHIVES

N’hésitez pas à ajouter vos propres post !!!

Conseils pour l’écriture

Maybe it was all those late nights as an undergraduate struggling to fill out mandatory ten-page papers that made us think the only worthwhile writing is long and drawn out. While it’s more difficult to express yourself in the simplest possible manner, it’s so much more effective. More work for you means less work for your reader.
Continue reading « Conseils pour l’écriture »